FUE tekniğinde öncelikle saç köklerinin toplanacağı donör bölge traş edilir. Bunun nedeni mikromotor yardımıyla saç köklerinin alınmasını kolaylaştırmaktır. Sonrasında saç köklerinin toplanacağı bölge lokal anestezik ile uyuşturulur ve saç köklerinin alınması sırasında ense bölgesinden kıl kökleri mikromotor yöntemi ile toplanır. Ense bölgesinin donör bölge olarak seçilmesinin nedeni bu bölgedeki saçların dökülmeye karşı dirençli olmasıdır. Sağlıklı saç köklerinin alımı aşamasından sonra bu saç kökleri zarar görmeden muhafaza etmek için özel bir solüsyon içerisine konulur. Ardından işlemin en önemli aşamalarından birisi olan kanal açma aşamasına geçilir. Kökler toplandıktan sonra transfer edilecek olan bölgeye çelik uçlu özel aletler yardımıyla kanallar açılır ve toplanan kıl kökleri kanallara transfer edilir.